インボイス2割特例の適用要件と納付税額の計算方法・適用期限

ひと言でわかる

2割特例は免税事業者がインボイス発行事業者となった場合に売上税額の2割のみを納付税額とできる特例で、令和5年10月1日から令和8年9月30日を含む課税期間まで適用される

免税事業者から適格請求書発行事業者の登録を受けた小規模事業者の多くは、消費税の納税事務負担や税額計算の複雑さに直面しています。適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置（２割特例）は、免税事業者が適格請求書発行事業者となった場合に売上げに係る消費税額を基礎として税額控除を計算できる制度であり、その適用を受けた課税期間の翌課税期間中に消費税簡易課税制度選択届出書を提出することで簡易課税制度への円滑な移行が可能です。

国税庁のタックスアンサーNo.6505（令和7年4月1日現在法令等）によると、簡易課税制度は、中小事業者の納税事務負担に配慮する観点から、事業者の選択により、売上げに係る消費税額を基礎として仕入れに係る消費税額を算出することができる制度です。実際の課税仕入れ等に係る消費税額を個別積み上げで計算することなく、売上げに係る消費税額に事業区分に応じたみなし仕入率を乗じて仕入控除税額を算出する仕組みが採用されています。

簡易課税制度は、その基準期間（個人事業者は前々年、法人は原則として前々事業年度）における課税売上高が5,000万円以下の課税期間について適用することができます。事業の種類に応じて第1種事業から第6種事業までの事業区分が定められており、それぞれの区分に応じたみなし仕入率を適用して納付税額を計算します。

適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者が、２割特例の適用期間中およびその後の課税期間においてどのような手続きを行うべきか、また事業区分ごとのみなし仕入率や計算特例がどのように定められているかを把握しておくことは、適正な税務申告と事業運営のために極めて重要です。

２割特例の適用を受けた事業者は翌課税期間中に簡易課税制度を選択できるか

適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置（２割特例）の適用を受けた適格請求書発行事業者は、この経過措置（２割特例）の適用を受けた課税期間の翌課税期間中に「消費税簡易課税制度選択届出書」を納税地の所轄税務署長に提出すれば、その課税期間から簡易課税制度の適用を受けることができます。

通常の取り扱いにおいて、簡易課税制度の適用を受けようとする事業者は、その課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を納税地の所轄税務署長に提出することにより、簡易課税制度を選択することができます。しかし、適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置（２割特例）の適用を受けた適格請求書発行事業者については、翌課税期間中に届出書を提出することでその課税期間から適用を受けることが認められています。

また、免税事業者が令和5年10月1日から令和11年9月30日までの日の属する課税期間に適格請求書発行事業者の登録を受け、登録を受けた日から課税事業者となる場合は、その登録を受けた日の属する課税期間中に消費税簡易課税制度選択届出書を提出すれば、その課税期間から簡易課税制度の適用を受けることができます。

このように、インボイス発行事業者となった小規模事業者に対しては柔軟な届出期間が認められており、実際の事業規模や事務負担の状況を見極めながら適切な申告区分を選択することが可能です。日々の記帳や税額計算の管理においては、会計ソフトを活用して課税売上高を正確に把握しておくことが円滑な手続きの基盤となります。

簡易課税制度における事業区分とみなし仕入率はどのように定められているか

簡易課税制度を適用するときの事業区分およびみなし仕入率は、第1種事業の90％から第6種事業の40％まで事業の種類に応じて明確に区分されています。

具体的には、その納税地の所轄税務署長に「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出した課税事業者は、基準期間（個人事業者は前々年、法人は原則として前々事業年度）における課税売上高が5,000万円以下の課税期間について、売上げに係る消費税額に、事業の種類の区分（事業区分）に応じて定められたみなし仕入率を乗じて算出した金額を仕入れに係る消費税額として、売上げに係る消費税額から控除することになります。

簡易課税制度における各事業区分およびみなし仕入率は、国税庁タックスアンサーNo.6505（令和7年4月1日現在法令等）において定められています。第1種事業（卸売業）は90％、第2種事業（小売業、農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業に限る））は80％、第3種事業（農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業を除く）、鉱業、建設業、製造業、電気業、ガス業、熱供給業および水道業）は70％です。また、第4種事業（第1種事業、第2種事業、第3種事業、第5種事業および第6種事業以外の事業）は60％、第5種事業（運輸通信業、金融業および保険業、サービス業（飲食店業に該当するものを除く））は50％、第6種事業（不動産業）は40％です。

以下の表は、簡易課税制度における事業区分およびみなし仕入率の対応関係をまとめた一覧です。

事業区分	対象となる事業の種類	みなし仕入率
第1種事業	卸売業	90％
第2種事業	小売業、農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業に限る）	80％
第3種事業	農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業を除く）、鉱業、建設業、製造業、電気業、ガス業、熱供給業および水道業	70％
第4種事業	第1種事業、第2種事業、第3種事業、第5種事業および第6種事業以外の事業	60％
第5種事業	運輸通信業、金融業および保険業、サービス業（飲食店業に該当するものを除く）	50％
第6種事業	不動産業	40％

事業者が営む事業がどの区分に該当するかについては、国税庁コード6509「簡易課税制度の事業区分」などを確認し、簡易課税制度の事業区分に沿って正確に分類する必要があります。

2種類以上の事業を営む場合の仕入控除税額はどのように計算するか

第1種事業から第6種事業までのうち2種類以上の事業を営む事業者の仕入控除税額の計算には原則法と簡便法があり、一定の除外要件に該当しない場合は簡便法を選択することができます。

第1種事業から第6種事業までのうち1種類の事業だけを営む事業者の場合は、売上げに係る消費税額にその事業区分のみなし仕入率を乗じて仕入控除税額を計算します。これに対して、2種類以上の事業を営む事業者の場合は、それぞれの事業区分ごとに課税売上げに係る消費税額を区分し、それぞれのみなし仕入率を乗じて算出した金額の合計額を仕入控除税額とする原則法により計算します。

2種類以上の事業を営む場合において、次のAおよびBのいずれにも該当しない場合は、簡便法により計算しても差し支えありません。Aは貸倒回収額がある場合、Bは売上対価の返還等がある場合で、各種事業に係る消費税額からそれぞれの事業の売上対価の返還等に係る消費税額を控除して控除しきれない場合です。

複数の事業を営む事業者が適切な方法で仕入控除税額を算出するためには、日頃から事業ごとの売上げを整理しておくことが不可欠です。税額計算の事前確認においては、消費税計算ツールを活用することで計算手順の把握が容易になります。

課税売上高の75パーセント以上を占める場合の特例計算はどう適用するか

2種類以上の事業を営む事業者で特定の事業の課税売上高が全体の課税売上高の75パーセント以上を占める場合には、計算を簡素化する特例計算を適用することができます。

具体的には、2種類以上の事業を営む事業者で、1種類の事業の課税売上高が全体の課税売上高の75パーセント以上を占める場合には、その事業のみなし仕入率を全体の課税売上げに対して適用することができます。これにより、事業区分ごとの按分計算を省略し、主要な事業の単一のみなし仕入率で仕入控除税額を算出することが可能となります。

また、3種類以上の事業を営む事業者で、特定の2種類の事業の課税売上高の合計額が全体の課税売上高の75パーセント以上を占める事業者については、その2業種のうちみなし仕入率の高い方の事業に係る課税売上高についてはそのみなし仕入率を適用し、それ以外の課税売上高についてはその2種類の事業のうち低い方のみなし仕入率をその事業以外の課税売上げに対して適用することができます。例えば、3種類以上の事業を営む事業者の第1種事業および第2種事業に係る課税売上高の合計が全体の課税売上高の75パーセント以上を占める場合、第1種事業には90％を適用し、それ以外の課税売上高には第2種事業のみなし仕入率である80％を適用して計算します。この特例計算においても、貸倒回収額がある場合や売上対価の返還等の控除不足がある場合を除き、原則法および簡便法による計算が認められています。

一方で、2種類以上の事業を営む事業者が課税売上げを事業ごとに区分していない場合には、この区分をしていない部分については、その区分していない事業のうち一番低いみなし仕入率を適用して仕入控除税額を計算することになります。区分経理を怠ると仕入控除税額が低く算定される結果となるため、取引ごとの事業区分の徹底が重要です。

基準期間の課税売上高が5,000万円を超えた場合はどうなるか

「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出している場合であっても、基準期間における課税売上高が5,000万円を超える課税期間については、簡易課税制度は適用できません。

簡易課税制度は、その基準期間（個人事業者は前々年、法人は原則として前々事業年度）における課税売上高が5,000万円以下の課税期間について適用される制度です。したがって、基準期間の課税売上高が5,000万円を超えた課税期間については、本則課税により実際の課税仕入れ等に係る消費税額を計算して申告を行う必要があります。

ただし、基準期間における課税売上高が5,000万円を超えることにより簡易課税制度を適用できなくなった場合や、基準期間における課税売上高が1,000万円以下となり免税事業者となった場合であっても、提出した「消費税簡易課税制度選択届出書」の効力自体は失われません。

その後の課税期間において基準期間における課税売上高が1,000万円を超え5,000万円以下となったときには、その課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を提出している場合を除き、再び簡易課税制度が適用されます。

以下の表は、基準期間の課税売上高に応じた課税区分および簡易課税制度の適用関係をまとめた一覧です。

基準期間の課税売上高	課税区分	簡易課税制度の適用
5,000万円超	課税事業者	適用不可（本則課税による計算）
1,000万円超5,000万円以下	課税事業者	適用可能（届出書を提出している場合）
1,000万円以下	免税事業者（原則）	届出書の効力は存続（課税事業者となる課税期間に再適用可能）

基準期間の課税売上高の推移によって申告方法が変動するため、インボイス計算ツールを活用して年間の売上高を定期的に集計し、適用要件を満たしているか確認することが推奨されます。

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恒久的施設を有しない国外事業者は簡易課税制度を適用できるか

令和6年10月1日以後に開始する課税期間から、その課税期間の初日において恒久的施設（PE）を有しない国外事業者は、簡易課税制度の適用を受けられません。

恒久的施設とは、一般的に「PE」（Permanent Establishment）と略称されており、例えば、国内にある事業の管理を行う場所、支店、事務所、工場、作業場もしくは鉱山その他の天然資源を採取する場所またはその他事業を行う一定の場所などを指します。詳細な定義については国税庁タックスアンサーNo.2883「恒久的施設（PE）（令和元年分以後）」に定められています。

また、国外事業者とは、所得税法第2条第1項第5号《定義》に規定する非居住者である個人事業者及び法人税法第2条第4号《定義》に規定する外国法人をいいます。

令和6年9月30日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出している場合であっても、令和6年10月1日以後に開始する課税期間の初日において恒久的施設（PE）を有しない場合には、簡易課税制度の適用はありません。該当する事業者は、国内における恒久的施設の有無について法令の要件を確認する必要があります。

簡易課税制度をやめるにはどのような手続きが必要か

簡易課税制度の適用を受けている事業者がその適用をやめようとする場合には、その課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を納税地の所轄税務署長に提出する必要があります。

ただし、簡易課税制度の適用を受けている事業者は、事業を廃止した場合を除き、「消費税簡易課税制度選択届出書」の効力が生ずる課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を提出することはできません。これにより、一度選択した後は原則として2年間の継続適用が求められます。

なお、災害その他やむを得ない事情により、その課税期間開始前に消費税簡易課税制度選択届出書または消費税簡易課税制度選択不適用届出書の提出ができなかった場合には、その届出期限についての特例が適用できる場合があります。具体的には、国税庁コード6630「やむを得ない事情により課税事業者選択届出書等の提出が間に合わなかった場合」およびコード6632「災害等により簡易課税制度の適用を受ける(受けることをやめる)必要が生じた場合」において手続きが定められています。

簡易課税制度の根拠法令等としては、消法30、37、消令56、57、57の2、消規17、平28改正法附則51の2、平30改正令附則21の2、消基通13-1-3、13-1-3の5、13-1-5の2が規定されています。事業運営における各種インボイス関連の手続きについては、インボイスの書き方やインボイス経過措置を確認し、適切な書類保存と管理を行うことが重要です。

よくある質問

２割特例の適用を受けた事業者はいつまでに簡易課税の届出を出せばよいですか？

原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに提出する必要がありますが、２割特例の適用を受けた事業者については翌課税期間中の提出による適用が認められています。

免税事業者がインボイス登録を受けた課税期間中に簡易課税を選択できますか？

免税事業者が令和5年10月1日から令和11年9月30日までの日の属する課税期間に適格請求書発行事業者の登録を受け、登録を受けた日から課税事業者となる場合は、その登録を受けた日の属する課税期間中に消費税簡易課税制度選択届出書を提出すれば、その課税期間から簡易課税制度の適用を受けることができます。

この特例により、適格請求書発行事業者の登録を受けた初年度の課税期間中であっても、簡易課税制度を選択して仕入控除税額を算出することが可能です。

基準期間の課税売上高が5,000万円を超えた課税期間の翌年以降はどうなりますか？

その後の課税期間において基準期間における課税売上高が1,000万円を超え5,000万円以下となったときには、「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を提出している場合を除き、再び簡易課税制度が適用されます。

基準期間の課税売上高が5,000万円を超えた課税期間については簡易課税制度を適用できませんが、提出済みの「消費税簡易課税制度選択届出書」の効力は存続するため、基準期間の売上要件を満たす課税期間になれば自動的に再適用となります。

複数事業の売上げを事業ごとに区分していない場合はどう計算されますか？

2種類以上の事業を営む事業者が課税売上げを事業ごとに区分していない場合には、この区分をしていない部分については、その区分していない事業のうち一番低いみなし仕入率を適用して仕入控除税額を計算します。

区分経理を行わない場合は最も低いみなし仕入率が適用されるため、日常の取引において事業の種類ごとに売上げを正確に区分して記録しておくことが重要です。

簡易課税制度を選択した後に本則課税へ変更することはいつでも可能ですか？

「消費税簡易課税制度選択届出書」の効力が生ずる課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を提出することはできません。

事業を廃止した場合や災害その他やむを得ない事情がある場合を除き、選択から原則として最低2年間の適用継続が義務付けられているため、事前の確認が必要です。

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